ニコニコ動画では、下のようにコメントで改行を入力することができます。
いわゆる歌詞職人やコメント職人と呼ばれる人は改行を駆使して位置調整したりして動画に高クオリティのコメントをしています。
改行方法
コメントの作成
ニコニコ動画だけでは改行を入力することができません。
お手持ちのテキストエディタを起動し、以下のように文字改行文字のようにして複数行のコメントを入力します。
コメントのコピー＆ペースト
テキストエディタに入力したコメント全てをコピーします。（「Ctrl」+「C」など）
ニコニコ動画のコメント入力欄にコピーしたコメントをペーストします。（「Ctrl」+「V」など）
以下のように、改行されて最終行のみがコメント欄に入力されているように見えます。
見えない部分にちゃんと改行上のコメントも入力されているので、この状態で「コメントする」ボタンを押下すればOKです。
以前の改行方法
現在は利用することができません。
「Ctrl」＋「.」をコメント欄で入力すると改行できていました。
HTML5で動いている現在のニコニコ動画では対応していないようです。
参考
更に詳しいコメントの改行の仕様について、詳しくは下記リンクを参考にしてください。